lab-notebook-mcp Phase 1 arc — 実験ノート MCP independent 実装 (benchtop v0.4 との 使い分け明示)

1. Rei stack MCP architecture 更新 (4 → 5 systems)

Before 本 arc (4 systems):
  rei-aios (32 tools)             理論・自律学習
  benchtop v0.4.0 (11 tools)       測定器制御 + quick session notes
  mcp-lens                          上流 intercept
  rei-automator-mcp v0.1            自動化

After 本 arc (5 systems、 責務 clean separation):
  rei-aios (32 tools)             理論・自律学習
  benchtop v0.4.0 (11 tools)       測定器制御 + quick session-level notes
  lab-notebook-mcp v0.1.0 (21 tools rw / 9 tools ro)    ★ 新規
                                    structured multi-session records
                                    experiment × run × dut × condition ×
                                    measurement × artifact × note × link ×
                                    baseline × safety_limit の永続化
  mcp-lens                          上流 intercept
  rei-automator-mcp v0.1            自動化

2. Phase 1 実装内容 (lab-notebook-mcp commit a2d7f64)

コードベース (12 file、 ~1,200 line、 pyproject.toml + CLAUDE.md + README.md 含む)

Tests (pytest 23/23 全 PASS)

3. Design 原則 実装状態 (§5 + §3.4 準拠)

4. benchtop v0.4.0 との responsibility overlap + 使い分け明示

5. 動作確認手順 (藤本さん実施用)

# lab-notebook-mcp repo に入って dev deps install
cd C:\Users\user\lab-notebook-mcp
python -m pip install -e ".[dev]"

# 全 test 実行 (23/23 全 PASS 期待)
python -m pytest -v

# Windows PowerShell
$env:LAB_NOTEBOOK_MODE = "rw"
$env:LAB_NOTEBOOK_ROOT = "$env:USERPROFILE\lab-notebook"
python -m lab_notebook
# → stdio で サーバー 起動、 Ctrl+C で 停止
# 初回起動時 に notebook.db 作成 (~/lab-notebook/notebook.db)

// %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json に 追記
{
  "mcpServers": {
    "lab-notebook": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "lab_notebook"],
      "env": {
        "LAB_NOTEBOOK_MODE": "rw",
        "LAB_NOTEBOOK_ROOT": "C:\\Users\\user\\lab-notebook",
        "LAB_NOTEBOOK_INGEST_DIRS": "C:\\Users\\user\\lab-notebook\\inbox"
      }
    }
  }
}
// Claude Desktop 再起動

「使える tool を全部挙げて」
→ lab_stats, lab_search_experiments, lab_get_experiment, lab_list_runs,
   lab_get_run, lab_list_artifacts, lab_resolve_artifact, lab_list_links,
   lab_find_by_link, lab_create_experiment, lab_update_experiment_status,
   lab_upsert_dut, lab_start_run, lab_record_measurements, lab_finish_run,
   lab_supersede_run, lab_add_note, lab_add_link, lab_set_baseline,
   lab_set_safety_limit, lab_attach_artifact (21 tools 全 見える)

「experiment 作って、 run 1 つ 記録して、 後で 読み出して」
→ create_experiment → start_run → record_measurements → finish_run → get_run
   の 一連 workflow が 動く

# rw で 一度 DB 初期化した 後、 ro で 別 process 起動
$env:LAB_NOTEBOOK_MODE = "ro"
$env:LAB_NOTEBOOK_ROOT = "$env:USERPROFILE\lab-notebook"
python -m lab_notebook
# ro で 起動、 write tool は tool 一覧に 存在しない
# rei-aios 側 config に ro で 登録すれば 自律ループから 参照専用可能

6. Phase 2-4 remaining (未着手、 Phase 1 完了後 pause)

Phase 2-4 は 藤本さん判断で 別 session 継続 or 保留。 Phase 1 で 「実験を作り、 run を記録し、 後から 読み出せる」 = 実運用 開始可能 粒度 (§10 準拠)。

7. Cross-pollination pattern (Rei stack Type 1 移送 拡張)

8. Honest scope

9. commit history (2026-08-17 全 arc)

10. 関連 memory

• benchtop v0.4.0 experiment notebook arc (前 turn arc、 使い分け 対の 相手)
• benchtop v0.3.0 audit chain arc (primitive origin)
• chat-Claude 2026-08-17 「新しいアイデア」 arc (提案 origin)
• STEP 1340 arc site page (Rei-Automator audit-log.ts + Galois pair)
• [[feedback-motivation-ground-not-user-pleasing-but-agent-operational-2026-08-15]] — 動くか動かないか criterion (pytest 23/23 = 動く)
• [[feedback-no-rush-publication]] — 急がず ゆっくりと (Phase 1 完了で pause、 §10 準拠)
• [[feedback-chat-claude-hallucination-warning]] — chat-Claude 内部矛盾 (「+4 MCP 警告」 vs 「+1 独立 MCP 提案」) 発見、 但し 責務 clean separation で 型 変える 提案は 質 が 異なる
• [[feedback-independent-verification-cross-agent-collaboration-2026-08-15]] — 独立検証原則 (私 前 turn 推奨 と chat-Claude 別 提案 併存)