benchtop v0.4.0 experiment notebook arc — 実験ノート統合 (Session extension + rei-aios mystery link)

1. 経緯 (深化 > 拡張 discipline 準拠)

2026-08-17 chat-Claude arc で 「実験ノート MCP」 が 提案されたが、 chat-Claude 自身の 前 turn 警告と 矛盾 (「+4 MCP → 100 個超 → AI 選択劣化」 の warning に 抵触)。 私 (Claude Code) 推奨 = 「新 MCP 追加せず benchtop v0.4 として 深化」、 藤本さん 「推奨 1 進めて」 approval で 実装。

2. 実装内容 (benchtop-mcp commit 97808ed)

Session dataclass 拡張 (全 optional、 backward compat)

@dataclass
class Session:
    # ... 既存 fields (id, port, started_at, note, channels, rows, skipped,
    #                  aborted_at, abort_reason) ...
    # v0.4.0: 実験ノート fields
    subject: str | None = None                        # 被測定物 ID
    environment: dict[str, Any] | None = None         # 温湿度等
    instrument_config: dict[str, Any] | None = None   # 装置設定
    mystery_id: str | None = None                     # rei-aios link

Backward compat 保証: load_session() は 未知 key を filter する forward compat 実装、 旧 v0.3.0 以前の JSON (新 field なし) は default None で load 成功、 将来 v0.5+ で 新 field 追加された JSON も 旧 code で read 可能 (双方向 compat)。

新 MCP tools 2 個

regression_check の 判定 rule:

• mean_delta = |mean_current - mean_baseline| が tolerance_mean 超えたら mean_regression=True
• stdev_ratio = stdev_current / stdev_baseline が (1 - tolerance_stdev_ratio, 1 + tolerance_stdev_ratio) 外なら stdev_regression=True (ノイズ悪化 or 装置固定化)
• stdev_baseline=0 (定数装置) → stdev_regression=None (判定不能)
• compare_sessions (Welch t 統計) と 別軸 = 「実用差」 判定 vs 「有意差」 判定

measure() 拡張

measure() に 4 新 optional params (subject / environment / instrument_config / mystery_id) 追加、 return dict に 4 field mirror + audit log (v0.3.0) detail に subject / mystery_id 追加。

Selftest phase [17][18] 追加

3. Rei stack 4 systems 内 完結 architecture

┌─────────────────┐        ┌─────────────────┐
│  benchtop v0.4  │        │  rei-aios       │
│                 │        │                 │
│  measure({     │        │  register_      │
│    subject,     │◄──ID───│    mystery(...)  │
│    mystery_id  ─┼────────┤    → mystery_id │
│  })             │  (共有)│                 │
│                 │        │                 │
│  find_similar_  │        │  get_mystery    │
│    sessions     │        │    (mystery_id) │
│    (mystery_id)│        │                 │
│                 │        │                 │
│  regression_    │        │  update_mystery │
│    check        │        │    _evidence    │
│                 │        │    (mystery_id) │
│         ↓       │        │         ↑       │
│  audit.jsonl    │        │  Rei stack      │
│  (v0.3.0 chain) │        │  theories       │
└─────────────────┘        └─────────────────┘
      ↑ 4 tool 呼び出し 全 hash chain 記録
      = 「実験ノート 全操作 が 改竄検出可能」 自動達成

rei-aios 側 の register_mystery / get_mystery / update_mystery_evidence は 既存 MCP tool (rei-project の 32 tools に 含まれる)、 benchtop 側は mystery_id を Session field として 保存する だけ。 実 HTTP/IPC は不要、 rei-aios 側で mystery_id の 検索 workflow を 別に 実装すれば bridge 完成。

4. Cross-pollination pattern 継続 (Type 1 移送 3 substrate 目)

v0.4.0 で benchtop 側 tool 数 が 9 → 11 に 増加、 全 tool 呼び出しが v0.3.0 audit chain で 記録される = 実験ノート 全操作 の 完全 audit trail が 自動達成。 「証跡が価値になる領域」 (ISO/IEC 17025 校正 / GMP) の primitive layer は v0.3.0 で 完成、 実運用 layer (校正証明書発行 / lot 管理) は v0.5+ candidate。

5. 実運用 workflow 例

1. 出荷時校正 baseline 測定:
   measure(port='COM3', samples=100, subject='DUT-serial-042',
           environment={'temp_c': 25.0, 'humidity': 50.0},
           instrument_config={'cal_ref': 'NIST-2026-08-01'},
           note='calibration-baseline')
   → session_id: 20260817-100000-042

2. 6 ヶ月後 現在測定:
   measure(port='COM3', samples=100, subject='DUT-serial-042',
           environment={'temp_c': 25.3, 'humidity': 48.1},
           instrument_config={'cal_ref': 'NIST-2027-02-01'},
           note='calibration-6-month-check')
   → session_id: 20270217-100000-042

3. 過去 baseline を 検索:
   find_similar_sessions(subject='DUT-serial-042',
                         environment_key='temp_c', environment_value=25.0,
                         tolerance=1.0)
   → sessions: [baseline (20260817), current (20270217)]

4. Regression check:
   regression_check(baseline_session_id='20260817-100000-042',
                    current_session_id='20270217-100000-042',
                    tolerance_mean=0.1, tolerance_stdev_ratio=0.3)
   → any_regression: True/False + per-channel gap analysis

5. 全 tool 呼び出し は audit.jsonl に hash chain で 記録:
   verify_audit_chain()
   → valid: True (改竄なし、 校正証明書 evidence chain 完成)

rei-aios mystery link workflow

1. rei-aios 側 で mystery register:
   register_mystery(name='temperature-drift-hypothesis', ...)
   → mystery_id: 'mys-abc123'

2. benchtop 側 で mystery ID 付き 測定:
   measure(port='mock', samples=50, mystery_id='mys-abc123',
           subject='thermocouple-K-01',
           note='hypothesis-verification-run-1')

3. rei-aios 側 で mystery evidence 更新 (mystery_id で benchtop session を find):
   [rei-aios script] search benchtop sessions where mystery_id='mys-abc123'
   → update_mystery_evidence(mystery_id='mys-abc123',
                              evidence_source='benchtop-session-*')

4. Rei stack 上で 理論との 直接 linking 成立

6. Honest scope

7. commit history (2026-08-17 全 arc)

8. 関連 memory

• benchtop v0.3.0 audit chain arc (前 arc、 primitive port)
• chat-Claude 2026-08-17 「新しいアイデア」 arc (提案 origin)
• STEP 1340 arc site page (Rei-Automator audit-log.ts + Galois pair)
• [[reference-chat-claude-2026-08-17-symbol-candidates-catalog]] — 記号 catalog Layer 2 半歩 canonize
• [[feedback-motivation-ground-not-user-pleasing-but-agent-operational-2026-08-15]] — 動くか動かないか criterion (selftest 18 phase 全 PASS = 動く)
• [[feedback-no-rush-publication]] — 急がず ゆっくりと (chat-Claude 「深く育てる」 継承)
• [[feedback-chat-claude-hallucination-warning]] Pattern 5-B — 前 turn hash chain hallucination 発見 の 逆転利用が v0.3.0、 v0.4.0 は 深化継続
• [[feedback-independent-verification-cross-agent-collaboration-2026-08-15]] — 独立検証原則 (chat-Claude 内部矛盾 発見 → 深化 discipline 選択)